SO₃+H₂0→2H⁺+SO4^2-

CaCO₃+2HCl→CaCl₂+CO₂↑+H₂O

CaCO₃+2HF→CaF₂+CO₂↑+H₂O

石灰石-石膏法脫硫反應是一個比較復雜的反應過程，其中有些副反應有利于反應的進程，有些會阻礙反應的發生，下列反應在設計中應予以重視。

(1)與Mg的反應

漿池中的Mg元素，主要來自于石灰石中的雜質，當石灰石中可溶性Mg含量較高時(以MgCO₃形式存在)，由于MgCO₃活性高于CaCO₃會優先參與反應，對反應的進行是有利的，但過多時會導致漿液中生成大量的可溶性的MgSO₃，使得溶液里SO濃度增加，導致 SO₂吸收化學反應推動力的減小，而導致SO₂吸收的惡化。另一方面漿液中的SO₄^2–增加，會抑制氧化反應的進行，需要增加氧化空氣量。因此噴淋塔一般會控制Mg²⁺的濃度，當高于5000mg/L時需要排出廢水，此時控制準則不再是Cl^–小于20000mg/L。

(2)與Al的反應

AL主要來源于煙氣中的飛灰，可溶解的AL在F^–濃度達到一定條件下，會形成氟化絡合物(膠狀絮凝物)，包裹在石灰石顆粒表面，形成石灰石溶解閉塞，嚴重時會導致反應惡化的事故。

(3)與CL的反應

在一個封閉系統或接近封閉系統的狀態下，FGD工藝會把吸收液從煙氣中吸收溶解的氯化物增加到非常高的濃度。這些溶解的氯化物會產生高濃度的溶解鈣(主要是氯化鈣)溶解鈣會妨礙石灰石中碳酸鈣的反應，控制CL^–的濃度在12000~20000mg/L是保證反應正常進行的重要因素。

石灰石-石膏法脫硫是目前項目應用非常廣泛且效果好的一種工藝。